В Банк России Скоробогатова пришла в 2014 г. на должность зампреда, а с 1 сентября 2017 г. стала одним из трех первых заместителей председателя Набиуллиной. Скоробогатова курировала в Центробанке развитие национальной платежной системы, информационных и финансовых технологий как в России, так и в сфере международного взаимодействия. Она непосредственно контролировала работу департаментов национальной платежной системы, информационных технологий, финансовых технологий и операционного департамента. Под ее руководством были запущены проекты по биометрии, QR-кодам, открытым API, цифровому рублю и др.
