بغض النظر عن السلالة الفيروسية، وبالتالي سواء كانت الأنفلونزا الأسترالية أم لا، فإن الأعراض هي نفسها دائمًا: ارتفاع في درجة الحرارة فوق 38 درجة مئوية، قشعريرة باردة، آلام في العضلات أو المفاصل، فقدان الشهية، التعب والنعاس بالإضافة إلى الأعراض الكلاسيكية. أعراض الجهاز التنفسي مثل احتقان الأنف وسيلان الأنف والسعال الجاف والتهاب الحلق. وفي بعض الحالات قد تظهر أيضًا أعراض تؤثر على الجهاز الهضمي، مثل آلام المعدة والغثيان والقيء والإسهال. ما يجعل البديل الأسترالي مثيرًا للقلق بشكل خاص هو أنه القدرة على التأثير على الجهاز العصبي المركزي، مما يسبب أعراضًا عصبية مثل الارتباك العقلي والصداع الشديد، وفي بعض الحالات، الأوهام والتهاب الدماغ والنوبات.
